Ove son or le meraviglie tue O regno di Sicilia? Ove son quelle Chiare memorie, onde potevi altrui Mostrar per segni le grandezze antiche?
(Dal Fazello - Storia di Sicilia, deca I,lib. VI,cap.I)
La controfacciata della navata centrale è caratterizzata dalla presenza della cantoria in stile neoclassica realizzata nel 1926 su progetto di Carmelo Sciuto Patti; essa ospita un organo a canne di carattere monumentale.
Quest'ultimo ha subito nel tempo significative trasformazioni. Venne commissionato dal cardinale Giuseppe Benedetto Dusmet all'organaro francese Nicolas Théodore Jaquot nel 1877; una volta terminato, lo strumento venne posizionato nell'abside centrale, alle spalle dell'altare maggiore. Nel 1926, in seguito alla riorganizzazione dell'area absidale, venne costruita la cantoria in controfacciata e su di essa lì venne trasferito l'organo a spese del cardinale Francica Nava; in tale occasione, venne realizzata una nuova cassa dall'artista Giambattista Sangiorgio e lo strumento venne ampliato dalla ditta organaria Laudani e Giudici. Muto per decenni, nel 2012 è iniziato un importante intervento di restauro terminato nel 2014. ad opera della ditta organaria Mascioni, costato ben 570mila euro, finanziato dalla Fondazione Banco di Sicilia con l'Arcidiocesi etnea e l'8x1000 della Cei.
Lo strumento è a trasmissione meccanica con sistema elettronico di assistenza per le combinazioni; la sua consolle dispone di tre tastiere di 58 note ciascuna e pedaliera di 30 note.
